Prezado Andril
Vou tentar lhe ajudar no que eu puder, o que eu não puder eu deixo para os Super Experts Special que poderão lhe dar uma aula completa.
O CFOP é para especificar o tipo de operação, poderá ser Entrada ou Saída, sim ele tem influência no cálculo. Exemplo aqui do estado de Pernambuco :
Se o CFOP começa com 5 então a venda é para dentro do estado e neste caso o % de ICMS será de 17%, se o CFOP começa com 6 então a venda é para fora do estado e neste caso o % sera de 12%. Vale salientar que está tramitando no congresso um projeto para a unificação das alíquotas de todos os estados, mas esta regra continuará valendo.
A base de cálculo do ICMS é o valor total dos produtos sem IPI (se houver)
Produto : Chave de Fenda 3 x 3/4"
Qtd : 2
Preço : 6,50
Total do Item : 13,00
% de ICMS : 17,00
Valor ICMS do Item : 2,21
Produto : Mouse Genius 400 dpi
Qtd : 1
Preço : 13,00
Total do Item : 13,00
% de ICMS : 7,00
Valor ICMS do Item : 0,91
Neste caso a base de icms seria : 26,00 (13,00 + 13,00)
O Valor do ICMS é a soma dos valores de ICMS de cada produto no caso do exemplo acima seria 3,12 (0,91 + 2,21)
A soma de todos valores de ICMS de cada item da nota, cada item tem sua alíquota, para saber o valor do ICMS do item basta multiplicar o valor total do item pela a alíquota dele e dividir por 100. (13,00 x 7,00)/100 = 0,91 ou (13,00 x 12,00)/100 = 2,21
Obs : Não é muito comum de haver itens com aliquotas diferentes numa mesma nota, porém isso é possível, este seria um caso porque os produtos de informática aqui no estado tem alíquota de 7% e a grande maioria tem aliquota de 17%.
IPI - É o percentual de IPI do produto e segue a mesma regra do ICMS para o cálculo do valor do IPI, cada item poderá ter sua própria aliquota, esse imposto é cobrado sobre produtos industrializados (não pense que não precisará disso se seu cliente é comércio),em comércio no caso de notas de devolução o IPI deverá ser lançado.
Base de cálculo do ICMS substituição e ICMS substituição, essa é uma regra especial e pode depender de vários fatores, não entrarei neste mérito pois não conheço o assunto a fundo, veja com o contador da empresa e ou consulte o Regine de ICMS do seu estado.
Total Geral da Nota = Total dos Produtos + Total do IPI + Frete + Despesas Acesórias + Seguro
Obs : Dificilmente Frete, Despesas acessórias e Seguro são lançadas na nota.
Essa foi só uma pequena explicação, como disse não sou profundo conhecedor, para saber mais você deve consultar o contador da empresa pois ele sabe das regras e conhece o REGICMS do seu estado, mas creio que já de para você ter uma idéia e iniciar o desenvolvimento.
Sei que o correto seria eu conhecer todo o seu regime de icms e ser um profundo conhecedor das leis tributárias para postar isso aqui, mas por enquanto vai se virando com isso aê.
Ps. Se não me engano o Janis Grants é contador, dê uma pesquisada com ele, acho que ele poderá lhe ajudar melhor.
Creio que você seja de São Paulo, se for dê uma olhada no link abaixo :
http://www.fazenda.sp.gov.br/download/ricms.asp
Acho que aí você poderá tirar muitas das suas dúvidas...
Desculpe não poder ler tudo e te passar...

)
Até logo.
Marcelo