PC Toledo

Boa noite pessoal, tenho um cliente com duas lojas, atualmente tenho que fazer a atualização de dados por email, ou seja, sempre no final do dia, o que esta gerando alguns problemas, minha pergunta é o seguinte:
tem algum jeito de eu pegar e mandar o arquivo de uma loja para outro automaticamente para a outra maquina e dentro da pasta especificada?

Pode sim.
Instale servidores web nas máquinas e use o programa wget (é um programa que foi migrado do linux para o windows) para baixar o arquivo com as atualizações. E para que ele ache o arquivo é só apontar o servidor web para a pasta aonde estão os arquivos.

Outra forma seria com servidores FTP que podem acabar sendo mais seguros por obrigarem o uso de login e senha.

O wget permite baixar arquivos tanto com um quanto com o outro:

wget http://<endereco>/<arquivo>
wget ftp://<endereco>/<arquivo>

ou pra login e senha:
wget login:senha@http://<endereco>/<arquivo>
wget login:senha@ftp://<endereco>/<arquivo>